Matrixte; insanların geliştirdiği zeki sistemler öğrenebilme ve düşünebilme yeteneği kazanarak kendilerini sürekli geliştirmiş, zekanın son noktası olmuş, kendini fark etmiş, insanlığı da karşısına almıştır. Bu felsefe filmin özünü oluşturur.
Matrix filminin konusunu oluşturan Yapay Zeka aşağıdaki senaryo ile işlenmiştir:
Yapay zeka, makineleri yöneterek insanlığa savaş açmıştır. İnsanlar da hayatta kalabilmek için makinelerin tek enerji kaynağı olan Güneş enerjisini gökyüzünü karartarak makinelerin enerjisiz kalmasını sağlamışlardır.
Makineler güneş enerjisini kullanamayınca hayatta kalabilmek için enerji kaynağı olarak insan vücudunun ürettiği biyoelektriği kullanmak zorunda kalmışlardır.
Makineler, insanların ürettiği biyoelektriği kullanabilmek için insanları uyutmaları gerekmiştir. Uykularında olduklarını fark etmemeleri için beyinlerine bağlanan bir portla Dünya yaşamına birebir benzeyen bir programla Dünya'yı simule etmişlerdir.
Gerçek hayatta insanların tüm duyguları, duyu organlarından beyne ulaşan elektriksel sinyaller olduğu için makineler bu sinyallerin benzerini üretip insanların beynine yollayabilmişlerdir. Bu sayede insanlardan oluşan enerji üretebildikleri sonsuz tarlalar oluşturmuşlardır. Ancak sayıları azınlıkta da olsa bazı insanlar durumu hissedebilmişlerdir. Bir şeyler olması gerektiği gibi değildir ama bu nedir bilememektedirler.
Makinelerden kaçabilen ve yerin altında Zeon denilen yerleşim yerinde hayatta kalan insanlar Matrix denilen dünyanın benzeri ve simulasyonu olan matrix programını kabul etmeyen insanları kurtarmak için Zeon'dan uçan gemilerle insanların uyutulduğu tarlalara gelmektedirler. Bu gemiyle insanların uyutulduğu tarlalara yaklaşıp matrixe korsan sinyal yayınlayarak girmektedirler.
Yani makineler insanların uyutulduklarını anlamamaları için beyinlerini kontrol etmektedirler. Beynin içine giren bir portla sürekli olarak beynine elektrik sinyalleri gönderilerek dünyaya birebir benzeyen simülasyon programı içinde yaşatmaktadırlar.
Matrix programının tasarımcısı "mimar" olarak adlandırılan yapay zekadır. Sezgisel program olarak ikinci sahibiyse "kahindir". İlk önceleri tüm insanların mutlu olarak yaşaması için tasarlanan matrix programı, sonraları insanlar tarafından gerçek olduğu kabullenilmemiştir. Bu durum insanların doğasında olan acı ve keder dolu birebir dünya simulasyonu olan matrix programının güncellenmesini gerekli kılmıştır.
İnsanların uyutulduğu tarlalarda ölen insanlar, sıvılaştırılıp uyutulan insanlar için besin haline getirilip vucutlarına bağlanan serumlarla beslendirilmiştir.
Matrix zeondan insanları uyandırmak için gelen ve sistemi bozan herşeyi yoketmek ve güvenliği sağlamakla görevli ajan adı verilen güvenlik programı geliştirmiştir
.
Fimin kahramanı "Neo" matrix içinde bir şeyler hissedebilmektedir ama anlamlandıramamaktadır. Yalnız yaşayarak beyninde dolaşan belirsizlikleri, kuşkuları sezgilerini dinlemektedir. Cevabını beklediği soruları soracak birini ve bir yol aramaktadır. Morpheus Zeon'dan onu bulmak için gelir. Tüm hayatını makinelerle insanların savaşına son verecek olan kurtarıcıyı arayarak geçirmiştir. Sezgisel program olan kahin bir gün Morpheus'un kurtarıcıyı bulacağını kendisine söylemiştir. Onun Neo olduğunda inanır. Morpheus ajanlar Neo'ya ulaşmadan onu bulur, uyuduğu tarladan uyandırır ve gemisine alır. Gerçekleri ve matrixi anlatır. Bir dizi eğitim progmından geçirir. Kahinle görüştürür. Kahin onu inceler ve onun kurtarıcı olamayabileceğini söyler. Kahin Morpheusun Neo için hayatını feda edeceğini söyler. Dediği gibi de olur. Neo, Morpheus kendisine inandığı için ve kendisinin kurtarıcı olmadığını düşündüğü için kendini Morpheusun hayatını kurtarmak zorunda hisseder. Ajanların ele geçirdiği Morpheusu matrixe girerek kurtarır. Ancak kendisi matrixten çıkamayarak ajan Smith tarafından öldürülür. Kahin Trinity'e de birşey söylemiştir. Aşık olacağı adam kurtarıcı olacaktır. Bunu Neo matrixte ölüyorken gerçekte geminin içinde olan Neo'ya fısıldar ve o andan itibaren kurtarıcı olduğunu fark eder, ajan Smithi öldürür. Üç filmden oluşan birinci matrix serüveni neonun aşağıdaki sözüyle bitmiştir:
"Orada olduğunuzu biliyorum.. Sizi hissediyorum, korktuğunuzu biliyorum.. Bizden korkuyorsunuz.. Değişimden.. . Geleceği bilmiyorum.. Nasıl sona ereceğni söylemeye gelmedim.. Nasıl başlayacağını söylemeye geldim.. Bu telefonu kapayıp dişarıya çıkacağım.. Sonrada insanlara görmelerini istemediğiniz şeyi göstereceğim.. Onlara sizsiz bir dünyayı göstereceğim.. Kural ve kontrolün olmadığı sınırsız ve engelsiz bir dünya.. Her şeyin mümkün olduğu bir dünya.. Bundan sonra ne yapacağımız tamamen size bağlı.."
Gerçekte makinelerin düşünmesi mümkün müdür denildiğinde teorikte ve pratikte çok çarpıcı sonuçlar alınmıştır ve günlük yaşamda pratik uygulamaları da vardır.
Makinelerin öğrenme yeteneği insanın öğrenmesi model alınarak geliştirilmiştir. Yapay zeka kullanılan sistemde birçok örnekleme sisteme giriş olarak sunulur beklenilen sonuç alınana kadar her nöronun ağırlığı deneme yanılma yoluya tek tek değiştirilir. Gerçekte sistemin ne yaptığı bilinmez. Kara kutu olarak adlandırılır. Yapay zeka daha önce hiç görmediği durum karşısında genelleme yapabilme özelliği kazanır. Bir anlamda sunulan geçmiş örnekler yardımıyla hiç görmediği durum karşısında yorum yapabilir.
